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該生產方法不但避免了以上兩種方法的缺點，且生產過程衛生安全，收率也高，所生產的成品酶活損失小，酶活力一般可達到280萬～350萬單位/g，最高可達400萬單位/g，且酶活穩定性好，純度高，色澤潔白，細菌數低，嚴格操作可達到醫藥級別。

其提取工藝條件為超聲波功率300W，超聲處理時間200s，果漿質量分數30%；經超聲波強化提取，酶活力提高到原先的1.71倍；該酶在40℃以下，pH為5.4～6.0時酶活力相對穩定；EDTA、Cys和維生素C對酶活力具有激活作用，CuS04和ZnCl2具有，而KCl、NaCI、CaCl2、MgS04對酶活力的影響不大。

木瓜蛋白酶的分離純化工藝：采用初步采集處理，20%、40%硫酸銨分級沉淀、SP-sephadexC50柱色譜、羥基磷灰石柱色譜，從番木瓜乳汁中分離純化木瓜蛋白酶。可獲得比活為1184U/mg的純酶，活力回收率為55.79%，純度達到99.31%，為高純度的木瓜蛋白酶。